微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有機(jī)肥嚴(yán)格，要注意使用條件，嚴(yán)格按照說明書操作，否則難以獲得良好效果。
　　
　　1.微生物肥料對(duì)土壤條件要求比較嚴(yán)格。一般微生物肥料中的微生物在土壤溫度為18℃~25℃時(shí)生命活動(dòng)較為活躍，15℃以下時(shí)活性開始降低，10℃以下時(shí)活動(dòng)能力已很微弱，甚至處于休眠狀態(tài)。因此，微生物肥料使用注意土壤溫度，土壤濕度。
　　
　　2.注意施肥時(shí)期。微生物肥料施入土壤后，微生物需要一個(gè)適應(yīng)、生長、供養(yǎng)、繁殖的過程，一般在15天后可發(fā)揮作用。如果作追施，在作物的營養(yǎng)臨界期前施用。施用時(shí)間適宜在清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可避免陽光中的紫外線將微生物殺死。避免在高溫、干旱條件下使用。
　　
　　3.微生物肥料不能長期泡在水中，在水田施用應(yīng)干濕灌溉，促進(jìn)微生物活動(dòng)。以好氧型微生物為主的產(chǎn)品，則盡量不要用在水田。
　　
　　4.微生物菌劑在施足有機(jī)肥基礎(chǔ)上效果佳。如果土壤中的有機(jī)質(zhì)供應(yīng)充足，菌劑中微生物就會(huì)大量繁殖，抑制有害菌。反之，微生物就會(huì)因食物缺乏而死亡。因此，作物定植前一定要施足有機(jī)肥。
　　
　　5.微生物肥料可單獨(dú)使用，也可與其它肥料混合使用。但微生物肥料應(yīng)避免與未腐熟的農(nóng)家肥混用，否則會(huì)因農(nóng)家肥發(fā)酵產(chǎn)生的高溫殺死微生物而影響肥效。此外，避免與過酸、過堿的肥料混用。
　　
　　6.避免與農(nóng)藥同時(shí)使用。化學(xué)農(nóng)藥都會(huì)不同程度抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。不要將微生物肥料與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及草木灰混合用。不用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。
　　
　　7.微生物肥料不宜久放。拆包后要及時(shí)施用，注意產(chǎn)品保質(zhì)期。